20 open-sourcetools kunnen COVID-19 helpen bij onderzoek

Overheden, wetenschappers en onderzoeksinstellingen gebruiken technologie en innovatie om COVID-19 aan te pakken.

Er zijn open source-tools ontwikkeld en sommige worden nog steeds getest om de inspanningen te ondersteunen die zijn ingezet om de gevolgen van dit dodelijke virus te minimaliseren.

Er is al een reeks open-sourcetools beschikbaar die onderzoekers helpen meer te weten te komen over de ziekte, de verspreiding te identificeren, de verspreiding te voorkomen en verdere verspreiding en sterfgevallen tot een minimum te beperken. Er zijn verschillende projecten beschikbaar bij de Onderwijs ecosysteem waarin wordt beschreven hoe u verschillende hulpmiddelen kunt gebruiken.

Dit artikel gaat in op enkele van de open-sourcetools en -bibliotheken die worden gebruikt bij het monitoren, voorkomen en indammen, diagnosticeren en behandelen van COVID-19.

COVID-19-trackingkaart

In januari lanceerde het JHU’s Centre for Systems Science and Engineering een COVID-19 wereldwijde trackingkaart dat werd al snel een internationaal vertrouwde bron van de zich ontwikkelende pandemiegegevens in realtime.

De kaart is open source en wordt gebruikt om onderzoeks- en visualisatie-inspanningen te stimuleren door vooraanstaande mediaorganisaties, kleine organisaties en lokale overheden.

DXY-COVID-19-crawler

DXY-COVID-19-Crawler is een van de eerste open-sourceprojecten die in januari is ontwikkeld om te reageren op COVID-19.

De ontwikkelaars maakten gebruik van gegevens van DXY.cn, een site die door Chinese artsen werd gebruikt om gevallen te melden en op te volgen. Ze ontwikkelden een webcrawler die gegevens van de site verzamelde en beschikbaar stelde via een API en een datawarehouse. De code is beschikbaar op Github.

Datakit openen

Open datakit (ODK) is geen nieuw instrument. Het is eerder gebruikt tijdens de ebola-uitbraken in West-Afrika in 2004 en de meer recente uitbraak in de Democratische Republiek Congo in 2019.

Het helpt gebruikers voornamelijk bij het verzamelen, beheren en gebruiken van gegevens bij het opsporen van contacten, strategische mapping, ondersteuning bij beslissingen, sensibilisering van de gemeenschap en casemanagement.

De ODK-gemeenschap heeft het gebruik ervan in reactie op de COVID-19 verder ontwikkeld door een rapportageformulier beschikbaar te stellen bij de implementaties. Het formulier is ontworpen volgens het protocol van de Wereldgezondheidsorganisatie voor het onderzoeken van gevallen en het opsporen en onderzoeken van contacten.

De hoofdontwikkelaars bieden ook gratis ondersteuning voor elke organisatie die de ODK heeft geïmplementeerd als reactie op COVID-19.

  Wat is Microsoft Edge Secure Network en hoe het te gebruiken?

Volgende soort

Volgende soort volgt de evolutie van ziekteverwekkers. Het is eerder gebruikt om de familiegeschiedenis van een ziekte uit te werken, waardoor het ziekteverloop kan worden voorspeld.

Het is met succes gebruikt bij eerdere epidemieën, zoals Ebola. Door middel van genetische data van het Global Initiative on Sharing All Influenza Data (Gisaid) wordt Nextxtrain ingezet om COVID-19 aan te pakken.

DHIS2

Je weet het waarschijnlijk al DHIS2. Het is ’s werelds grootste Health Information Management System. Het wordt in meer dan 70 landen gebruikt. Als onderdeel van de reactie op COVID-19 heeft DHIS2 een digitaal gegevenspakket uitgebracht dat infectiedetectie, rapportage, bewaking en behandeling van de ziekte versnelt.

Het DHIS2 digitale datapakket maakt gebruik van standaard metadata die is afgestemd op het WHO-protocol voor COVID-19-casedefinitie en -surveillance om snelle inzet en respons mogelijk te maken.

Pikobar West-Java

Het Indonesische Informatie- en Coördinatiecentrum voor Ziekten en Rampen is een crisisresponscentrum dat is opgericht om COVID-19 in de provincie West-Java in Indonesië te verminderen en erop te reageren.

De Jabar Digitale Dienst heeft als onderdeel van de reactie een open-source webtool en app waarmee gebruikers toegang hebben tot de nieuwste COVID-19-gegevens.

OpenMRS

OpenMRS is een patiëntenzorgsysteem dat in veel ontwikkelingslanden over de hele wereld wordt gebruikt. Door de flexibiliteit van de OpenMRS-systeemlanden die hun gezondheidszorgmiddelen onder druk hebben staan, kunnen het gebruiken voor surveillance, screening en behandeling van COVID-19.

Het systeem kan hen helpen hun capaciteit uit te breiden door hen toegang te geven tot wetenschappelijk onderbouwde informatie over het omgaan met de crisis.

LMIS openen

De OpenLMIS-project maakt gebruik van een gemeenschapsgerichte tactiek om een ​​open-source en een aanpasbaar logistiek managementinformatiesysteem te ontwikkelen. Het OpenLMIS-systeem probeert de gegevensnauwkeurigheid te verbeteren, de verantwoordingsplicht te vergroten, de tijdigheid van gegevens en de zichtbaarheid te verbeteren.

Het OpenLMIS-systeem is bedoeld om de toeleveringsketens voor de gezondheidszorg te verbeteren, de inventaris van medische middelen om een ​​duidelijk beeld te geven van de beschikbare medische benodigdheden, inclusief testkits, en PBM’s (persoonlijke beschermingsmiddelen). Deze tool kan effectief worden ingezet om besluitvormers te ondersteunen bij het toewijzen van middelen als reactie op COVID-19.

gezondheidssites

De Global Healthsites Mapping Project is een project gericht op het in kaart brengen van elke gezondheidsinstelling ter wereld en het gemakkelijk toegankelijk maken van de details van elk ziekenhuis. De gegevens over zorginstellingen zijn via een API toegankelijk gemaakt.

  Een poster maken met Microsoft PowerPoint

Door samen te werken met gebruikers, legt het healthsites.io-team de locatie en contactgegevens van elke gezondheidsinstelling vast en valideert het en maakt de gegevens vrij beschikbaar en toegankelijk via een Open Data-licentie.

SORMAS

SORMAS (Surveillance Outbreak Response Management en analysesysteem) is een open-source mobiel e-health-systeem. Het is ingezet om zowel ziektebestrijding als procedures voor uitbraakbeheer te implementeren.

Het is effectief ingezet in verschillende landen, waaronder Ghana, Nigeria, Nepal en Fiji, voor COVID-19-surveillance en vroege opsporing.

SORMAS is een gratis, open-source systeem dat voldoet aan de normen voor gegevensbescherming.

Tokio COVID-19

In tegenstelling tot veel andere steden en overheden, is de Hoofdstedelijke regering van Tokio heeft een open-source website ontwikkeld die haar inwoners informeert over COVID-19. Door het open-source te maken, heeft de site bijdragen ontvangen van meer dan 200 gebruikers. Drie andere steden, Chiba, Nagano en Fukuoka, hebben de website opnieuw gemaakt.

ELIS openen

Het doel van de OpenELIS gezondheidssysteem is om de gezondheidszorg te verbeteren door een vooruitstrevend, op standaarden gebaseerd laboratoriuminformatiebeheersysteem te bieden dat door verschillende gezondheidsinitiatieven kan worden gebruikt om de behandelingsopties te verbeteren.

De COVID-19-uitbraak heeft geleid tot een wereldwijde uitdaging van het opsporen van contacten en het massaal testen van verdachte gevallen. Het OpenELIS-systeem kan effectief worden ingezet bij het aanpakken van COVID-19 om het volgen van laboratoriumtests en resultaten te vergemakkelijken.

De Toolkit voor gemeenschapsgezondheid is een verzameling open-sourcetools en open access-bronnen die gericht zijn op het bouwen en implementeren van digitale tools voor gebruik in gemeenschapsgezondheidsinitiatieven in gebieden die moeilijk te bereiken zijn.

De ontwikkelaarsgemeenschap van de Community Health Toolkit heeft zich ingezet om tools en middelen te ontwikkelen die gericht zijn op het ondersteunen van gezondheidswerkers in de gemeenschap om COVID-19 aan te pakken.

BEL

De COVID-19 Hospital Impact Model voor epidemieën (CHIME) is een open-source applicatie ontwikkeld door datawetenschappers van Penn Medicine – University of Pennsylvania. Het is een online tool waarmee ziekenhuizen de impact van het virus op de zorgmiddelen kunnen voorspellen.

Het is ontwikkeld met behulp van Python en de panda’s open-source afhankelijkheid.

COVID-zorgkaart

De COVID-zorgkaart helpt bij het in kaart brengen van de reeds bestaande middelen voor gezondheidszorg en bij het voorspellen van hiaten in ziekenhuisbedden, ventilatoren, medische benodigdheden en personeel. Alle methoden, tools voor gegevensverwerking, visualisaties en broncode zijn gratis en open-source.

Het COVID Care Map-project probeert te anticiperen en actie te ondernemen om steun in te roepen om effectief te zorgen voor het snelgroeiende aantal COVID-19-infecties en degenen die intensieve zorg nodig hebben.

  28 Beste ETL-tools lijst

Lokaal.ai

Locale.ai heeft een open-source, interactieve visualisatie ontwikkeld van alle bevestigde gevallen van COVID-19 over de hele wereld. Het bevraagt ​​de open-source dataset van John Hopkins University.

Locale.ai ontwikkelde de COVID-19 visualisatiewebsite door het gebruik van Vue.js, een populair framework waarmee ontwikkelaars moderne webapps kunnen maken.

COVID-19 over de hele wereld

Deze app maakt gebruik van een kaartvisualisatie om de verspreiding van COVID-19, de bevestigde gevallen en de ontwikkeling van de ziekte over de hele wereld te volgen. Het maakt gebruik van gegevens van John Hopkins CSSE.

Coronavirus-tracker

Dit is een glanzende app ontwikkeld door John Coene. Het volgt de verspreiding van COVID-19 door gebruik te maken van gegevens van John Hopkins, DXY-gegevens en Weixin. De app toont het aantal vermoedelijke, bevestigde en herstelde gevallen per tijd en regio. De code is beschikbaar op Github.

Wereldwijde gevallen van COVID-19

Wereldwijde gevallen van COVID-19 is een Shiny app ontwikkeld door Christoph Schoenenberger die de ontwikkelingen van COVID-19 weergeeft op een kaart, plots, overzichtstabellen en figuren. De code is beschikbaar op Github.

Overheden en COVID-19

Dit is een glanzende app ontwikkeld door Sebastiaan Engel-Wolf. Het brengt de exponentiële groei van COVID-19 in kaart, dagen tot dubbele infecties, bevestigde gevallen, sterftecijfer en het aantal bevestigde gevallen per 100.000 mensen in verschillende regio’s. De code is beschikbaar op Github.

Afsluiten

De open-sourcegemeenschap heeft snel en effectief gereageerd op de COVID-19-pandemie. Veel projecten zijn gebouwd en worden nog steeds gebouwd om de verspreiding van de ziekte aan te pakken. In dit artikel worden enkele projecten beschreven. Er is nog onzekerheid over hoe de ziekte de komende weken zal verlopen. Meer projecten die gebruik kunnen maken van de bestaande open-sourcetechnologieën zullen een plaats vinden in de strijd tegen deze dodelijke ziekte.

Let op je veiligheid!

Artikel door Dr. Michael J. Garbade, CEO, Education Ecosystem

gerelateerde berichten